本中心实行技术委员会领导下的中心主任负责制。

技术委员会负责制定工程研究中心的中长期发展规划和管理制度，提出优先发展领域和发展方向，指导工程研究中心技术方向，是本工程研究中心的决策咨询机构。

中心主任全面负责工程研究中心的各项事务，是中心发展规划、技术研究、技术推广示范事务的总负责人。

综合管理办公室负责本工程研究中心日常事务、行政管理、财务管理等具体工作。

工程研发部具体负责各项工程技术研发，是完成中心承担各项科研开发任务的核心部门，设立三个主要研究方向。此外，由企业提出技术需求、提供经费，中心负责策划人力资源、硬件配置组建技术团队，与共建单位建立一系列“校企联合产品&技术孵化实验室”。